Klášterní bazilika a románská krypta

Dle zpráv středověkých kronik patřil klášter v Teplicích k nejvýznamnějším stavebním záměrům královny Judity. Svědčí o tom i pozůstatky trojlodní klášterní baziliky, které řadí tuto stavbu k vrcholným památkám románské architektury u nás. Mateřským konventem teplických benediktinek byl klášter u sv. Jiří na pražském Hradě a tamější bazilika se stala vzorem pro stavbu teplického klášterního kostela. Zatímco archaická stavební dispozice záměrně napodobuje slavný kostel svatojiřského konventu, včetně obou věží, vnější znaky stavby, její provedení a kamenická práce jsou výsledkem činnosti domácích hnutí, které navazovaly na rozkvět sasko-durynských stavitelských tradic v polovině 12. století.
Po pohromách, které postihly teplický klášter v průběhu husitských válek(tím nebyl teplický klášter žádnou výjimkou), bazilika chátrala a svému účelu nadále sloužila zřejmě jen krypta a kaple při severní stěně kostela. V souvislosti s pozdější výstavbou farního nebo zámeckého kostela byly zbytky baziliky po roce 1549 záměrně rozebrány a na jejich místě vznikl hřbitov.
Archeologický výzkum prováděný v letech 1954-1957 odkryl v zemi zachované části klášterního kostela a potvrdil některé údaje písemných pramenů k jeho historii. Dlouhá léta se diskutovalo nad otázkou zasvěcení klášterního kostela a nad tím, zda-li v Teplicích existovaly ve středověku souběžně dvě farnosti. Písemné zprávy nasvědčují tomu, že klášterní kostel byl zasvěcen Panně Marii, zatímco klášter jako celek byl zasvěcen sv. Janu Křtiteli. Rozdílné zasvěcení kláštera a klášterního kostela však bývalo ve středověku obvyklé a není tudíž ani v případě Teplic výjimkou. Chybí ale jednoznačný důkaz o existenci druhého teplického kostela sv. Jana Křtitele v místě dnešního farního kostela, čímž otázka stále zůstává otevřená.
Půdorys baziliky vyznačený v ploše nádvoří ukazuje trojlodní románskou dispozici se střední lodí vysunutou k východu, s kaplí připojenou k severní boční lodi a čtvercovou věží při východní lodi. Pod kněžištěm s apsidálním uzávěrem ve střední lodi byla ukryta románská krypta.
Samotná bazilika zaujímala plochu 15,5 m x 40 m. K položení základů byly použity balvany z porfyru a jiných vyvřelin místního původu, oddělené od vlastního zdiva izolačními břidlicovými deskami. Zdi o průměrné síle 110 cm byly zbudovány z litého zdiva, oboustranně lícovaného pískovcovými kvádry. Do trojlodi se vstupovalo portálem, situovaným do středu severní vnější zdi, který je v půdorysu vyznačen výstupky z obvodového zdiva. Podlahu kostela kryly opukové desky, které byly v průběhu středověku lokálně doplňovány cihelnými dlaždicemi V západní části střední lodi byl zjištěn zbytek baptistéria (nádrže na křticí vodu), na jehož dně ležela mince chebské ražby (pfennig), podle analogií datovaná na konec 12. století.
V severní boční lodi byl odkryt náhrobní kámen, který je dnes součástí stálé expozice. Je zdoben rytým křížem na třech stupních a kružbou trojlistů mezi rameny a opatřen nápisem HIC IACET NEULAZ DE LACV (Zde leží Nevlas z Jezeří). Podle způsobu provedení majuskulního písma jej lze datovat do 14. století, což dobře koresponduje s písemnými zprávami o pánech z Jezeří. Rod původně pocházel ze Rvenic (Ervěnic) a na hradě Jezeří sídlil teprve od poloviny 14. století. Jméno Nevlas se u pánů ze Rvenic objevuje již před polovinou 14. století (ve formě Neblassinus). Nevlasové s přídomkem z Jezeří byli dva (otec a syn) a jsou zmiňováni v letech 1365–1384. Bohužel nevíme, který z nich byl v bazilice pohřben. Antropologický rozbor ostatků uložených pod náhrobním kamenem prokázal, že se jednalo o slabšího muže středních let, vysokého 168 cm.
V hrobní kapli při severní lodi byl nalezen hrob s kostrou ženy, jejíž hlava spočívala na opukovém kameni a směřovala k oltáři. Umístění hrobu do zvláštní kaple a poměrné stáří pohřbu naznačuje mimořádný význam pohřbené osoby. Uvažuje se, zda se nejedná o hrob zakladatelky královny Judity anebo některé z významných abatyší.

Do krypty pod kněžištěm se sestupovalo z lodi dvojím bočním schodištěm při jižní a severní straně. Několik let po ukončení výzkumu byla krypta zastřešena a upravena pro omezený návštěvnický provoz.
Pískovcové sloupy stojí na čtvercových plotnách, oddělených od patky břidlicovými deskami. Trojitě členěné patky sloupků v jižní řadě zdobí nárožní drápky, v protější řadě má jeden sloupek stylizovaný akantový list. Na štíhlých válcovitých dřících jsou krychlové hlavice s lunetami. Dlažba mezi sloupy byla vytrhána před zánikem funkce krypty v 16. století v souvislosti s přemístěním hrobů na nové místo.
Výjimečně zachovalým interiérem se krypta řadí mezi nejvýznamnější památky románské doby v Čechách.